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近年不少藥局從單純提供處方箋調劑，逐漸轉型為販售成藥、保健食品、嬰兒奶粉及日常用品的複合式經營模式。財政部台北國稅局提醒，藥局一旦兼營商品銷售，應依法辦理稅籍登記並申報營業稅。
台北國稅局表示，藥局依醫師處方箋提供調劑藥品服務，向民眾收取的調劑費及藥品費，屬於提供專業服務所取得的執行業務所得。依《加值型及非加值型營業稅法》規定，執行業務者提供專業性勞務，不屬於營業稅課稅範圍。若藥局除調劑處方箋外，另外販售成藥、保健食品、嬰兒奶粉、醫療用品或其他日常生活用品，性質就與一般商店販售商品相同，屬營業稅課稅範圍。
國稅局舉例，A藥局原本僅提供處方箋調劑服務，因此沒有辦理稅籍登記。後來為提供更完整服務，陸續販售成藥、保健食品及嬰兒奶粉等商品，轉型為複合式經營，但未依規定辦理稅籍登記，也沒有申報營業稅，經國稅局查獲後，不僅須補繳漏報營業稅，還須依相關規定裁處罰鍰。
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